К западу от «великих врат» к собору примыкает колокольня, от которой после 1941 года уцелел только нижний ярус, где находилась церковь Всех Святых. Это единственный архитектурный объем храма, воссозданный в формах XVII века со всеми деталями изразцового убранства.
Высота шестиярусной колокольни без креста — 59 м, с крестом — 62,7 м. Ее нижняя часть построена по образцу кампанилы храма Гроба Господня в Иерусалиме и состоит из трех четырехгранных ярусов. В первом находится церковь, во втором и третьем расположены колокола, часть которых помещена в открытых арках слуховых проемов.
Верх иерусалимской звонницы был разрушен землетрясением еще в 1562 году, что обусловило использование в монастырской колокольне традиций русского зодчества. Особо интересен четверик четвертого яруса. Его нижняя половина, скрытая за гульбищем с балясником и кровлей, визуально завершает нижние ярусы. Верхняя же половина возвышается над гульбищем и служит основанием для двух восьмериков, где расположен часовой механизм и часовые колокола. «Часы железныя боевыя с перечасием» были установлены на этом месте в XVII веке и впоследствии не раз сменялись новыми. Итак, колокольня Нового Иерусалима представляет собой сложное столпообразное сооружение, совмещающее церковь, два яруса звона с колоколами и часобитню. Промыслом Божиим в храме Всех Святых сохранился алтарь с трехгранной, как в Иерусалиме, апсидой, изразцовый трехъярусный пятипролетный иконостас XVII века, погребения двух настоятелей обители — архимандритов Варсонофия († 1680) и Германа I († 1682), а также вмурованные в стены белокаменные плиты с резными эпитафиями над их могилами.
Иконостас в церкви Всех Святых устроен в первой половине 1680-х годов из изразцов, изготовленных при Патриархе Никоне. Его уникальная особенность — фриз над первым ярусом с изображением рога изобилия, наполненного плодами. Рог изобилия и созревшие фрукты — непременный декоративный атрибут барочных церквей, символизирующих нескончаемость райских блаженств, ожидающих верующих в Царстве Небесном.
На колокольню можно подняться по внутристенной каменной винтовой лестнице или с южной части хор Воскресенского собора. В двух ярусах звона размещен набор из пятнадцати колоколов, вылитых в 2012 году на Воронежском заводе
Валерия Анисимова, и Трехсвятительский колокол, созданный в 1666 году «мздою и трудами» Патриарха Никона.
Колокола Нового Иерусалима XVII века отличает сплошное заполнение тулова и венцов изображениями и текстами, а также близость орнаментальных мотивов изразцовому убранству Воскресенского собора. Этим особенностям следует художественная концепция новых колоколов, повторяющих первоначальный состав монастырских кимвалов.
Самый большой из них, Воскресенский, весит 8500 кг. Высота кимвала — 220 см, диаметр — 230 см. На колоколе вылиты изображения Воскресения Христова, царя Алексея Михайловича, царицы Марии Ильиничны, царевича Алексея и Патриарха Никона, который держит в одной руке модель храма, а в другой — модель колокола.
Повторяет кимвал XVII века и Всехсвятский колокол весом 3200 кг. Его высота — 181,5 см, диаметр — 163 см. На тулове вылиты 12 месячных Миней, где изображены 430 святых и 9 праздников. Рельефы выполнены скульпторами ЗАО
«Балтстрой» по прорисям иконописцев из Палеха во главе с Л. И. Папиным.
Остальные лицевые колокола посвящены престольным праздникам монастырских храмов и придельных церквей. Так, на Господском колоколе вылиты иконы Рождества Христова, Богоявления, Преображения, Входа Господня в Иерусалим,
Распятия, Воскресения и Вознесения Господня.
На Богородичном колоколе изображены Рождество и Успение Пресвятой Богородицы, Тихвинская икона Божией Матери и образ Богородицы «Утоли моя печали».
На Предтеченском колоколе вылита икона усекновенной главы Иоанна Предтечи, повторяющая образ, написанный
в 1666 году Патриархом Никоном в дар новорожденному царевичу Иоанну Алексеевичу. Это одно из лучших колокольных
изображений выполнено московским иконописцем А. И. Якимовым и профессиональным скульптором священником Алексеем Пареньковым.
Крестовоздвиженский колокол благоукрашен иконой Воздвижения Креста Господня, Свято-Духов-апостольский —
образами Сошествия Святого Духа на апостолов и Собора двенадцати апостолов.
Царский колокол посвящен престолам, устроенным в храмах Нового Иерусалима в XVIII–XIX веках в честь Небесных
покровителей членов Августейшей семьи.
Новомученический колокол отражает современный период отечественной истории. На нем вылиты иконы святителей
Тихона (Никанорова; † 1920), Серафима (Чичагова; † 1937), Ионы (Лазарева; † 1937) и мученика Михаила Строева († 1938),
несших послушание в Воскресенском монастыре в начале XX века и пострадавших за веру Христову в годы репрессий.
Кроме десяти больших лицевых колоколов вылиты пять малых, которые посвящены памяти всех молившихся и трудившихся в Воскресенском монастыре: настоятелей и братии; подмастерьев каменных дел и зодчих; мастеров церковных художеств и строительных ремесел; благоустроителей и благоукрасителей обители. Образцом для малых колоколов послужил колокол весом в 1 пуд, вылитый в 1666 году. Он сплошь украшен поясами с орнаментом и текстом исторической «летописи». Так же оформлены и новые малые колокола, кроме одного, посвященного Царственным страстотерпцам и всем паломникам Нового Иерусалима. На нем изображены святые царь Николай II, царица Александра, царевич Алексий, великие княжны Ольга, Татиана, Мария и Анастасия († 1918).