В период настоятельства епископа Агапита в обители велись под руководством архитектора К.А. Тона ремонтно-реставрационные работы по шатру ротонды Воскресенского собора. В 1847 году по благословению епископа Агапита художником Василием Аполлинариевичем Генкиным была расписана священными изображениями Вифлеемская пещера в первом этаже храма Рождества Христова.
26 марта 1851 года епископ Агапит назначен настоятелем Ново-Спасского монастыря в Москве. 31 июня 1852 года переведен в Донской монастырь, где мирно отошел ко Господу 1 января 1854 года.