В погребальном шествии участвовали митрополит Новгородский Корнилий с сонмом духовенства и Великий Государь Феодор Алексеевич с царским синклитом.
По окончании Божественной литургии многочисленное духовенство, братия Ново-Иерусалимской обители и члены царской семьи простились со своим Отцом и Архипастырем, целуя его в руку. Затем было совершено отпевание и погребение Патриарха Никона в приделе Усекновения главы Иоанна Предтечи, под Голгофой.
По свидетельству Иоанна Шушерина, жизнеописателя Святейшего Патриарха Никона, тело его во время погребения «в толикое бо теплое время нимало повредися, но яко того часа преставися; лице же и плоть ничем не изменися, но все тело его цело и тлению не причастно бе».
У изножия гробницы Патриарха Никона поставлена белокаменная плита со стихотворной эпитафией, написанной архимандритом Германом (†1682).
Захоронение Патриарха Никона вскрывалось в середине 1930-х годов. Судьба мощей Святейшего не известна.
С.В. Лобачев. Последний путь Патриарха Никона