В 1808-1810 годах о. Мелхиседек был строителем Белобережской Брянской пустыни Орловской губернии, в 1811-1813 годах - строителем Петропавловской пустыни в г. Раненбурге Рязанской губернии.
С 1813 по 1816 год управлял Троицким Рязанским монастырем, с 1816 по 1821 год - Рыхловским Пустынно-Николаевским монастырем Черниговской епархии.
Последующие 30 лет своей жизни, в 1821-1951 годах, архимандрит Мелхиседек был настоятелем Московского Симонова монастыря. Он сохранял духовные связи с Оптиной пустынью и, случалось, направлял туда желающих поступить к нему в Симонов, среди коих был и родной брат его.
26 марта 1851 года архимандрит Мелхиседек определен настоятелем Воскресенского монастыря. Он управлял обителью менее года, но именно по его инициативе интерьеру храма Рождества Христова, перепланированному в 1810 году, был возвращен первоначальный вид.
Архимандрит Мелхиседек скончался 6 января 1852 года. Погребен в нижнем этаже храма Рождества Христова, в приделе Мучеников 14 000 младенцев, от Ирода в Вифлееме избиенных.