Музей памяти Патриарха Никона
Музей посвящен личности и созидательной роли Первосвятителя в создании этой святой обители. Один из первых церковных музеев России, основанный в 1874 году, который знакомит с уникальной экспозицией, связанной с личностью Патриарха Никона.
Археологический музей
В экспозиции представлены материалы об истории возрождения Святой обители и реставрационных работах, часть из которых поражает своей сложностью и уникальностью. Особое место в экспозиции занимает специально разработанный археологический макет, на котором подробно представлены участки раскопок,рассказывающих о мастерских находившихся в обители, при патриархе Никоне.
Солодовые палаты
Экспозиция в Солодовых палатах посвящена истории изразцового дела в Ново-Иерусалимском монастыре. Она позволит посетителям и паломникам оценить уникальное убранство обители. В экспозиции представлены найденные во время археологических раскопок основы печей, отреставрированные и и воссозданные
детали убранства обители.
Детский музей
Предлагает любознательным юным посетителям познакомиться с редчайшими экспонатами, и даже почувствовать себя в роли археологов. Увлекательный рассказ экскурсавода превратит посещение музея в незабываемое приключение.