Первый настоятель Воскресенского монастыря игумен Стефан до назначения состоял в клире Патриарха и был одним из приближенных к нему лиц. При нем было начато строительство монастыря, возведена первая деревянная церковь во имя Воскресения Христова и освящена Патриархом Никоном 17 июня 1657 г. в присутствии Царя Алексея Михайловича и синклита, тогда же впервые место, выбранное Патриархом для обители, и сам монастырь были впервые названы устами Царя Новым Иерусалимом. В сан архимандрита игумен Стефан был возведен 18 октября 1657 г., в день закладки каменного Воскресенского собора и установки памятного креста на холме, названном Елеон. В январе 1658 г. по жалованной царской грамоте учрежден торжок в деревне Котельниково, с которого архимандриту и братии разрешен сбор таможенных пошлин. В апреле 1658 г. начато строительство соборного храма Воскресения Христова. В 1658 г. построен в 150 саженях от монастыря, на берегу реки Истры, скит, или отходная пустынь, и 22 июня Патриархом Никоном заложена в нем Богоявленская церковь водружением на месте будущего престола подпрестольного креста с памятной надписью. По челобитной архим. Стефана Патриарху Никону 8 сентября 1658 г. обители дано подворье в Москве в Китай-городе на большой Ильинской улице «для игуменскаго и братскаго приезду».

2 мая 1658 г. архим. Стефан был посвящен Патриархом Никоном во архиеп. Суздальского и Тарусского. В начале своего епископского служения Стефан пострадал от доносов попа суздальской соборной церкви Никиты Добрынина (Пустосвята), будущего расколоучителя, и 20 августа 1660 г. был отозван с Суздальской кафедры и «ради пропитания» определен в Архангельский кремлевский собор для архиерейского совершения заупокойных служб по царям и князьям. Но в 1666 г. он был возвращен на Суздальскую кафедру и принимал участие в Соборе 1666 г., низложившем Патриарха Никона и осудившем его в ссылку. Архиеп. Стефан закончил свою жизнь печально, будучи 2 июля 1679 г. лишен сана и заточен сначала в Новгородский Лисицкий монастырь, а затем в Иосифо-Волоцкий, где и скончался в этом же 1679 г.

Архим. Герасим был ближайшим сподвижником Патриарха Никона, и управлял обителью в звании патриаршего наместника, поскольку Патриарх Никон все годы его настоятельства жил в Воскресенском монастыре, изображен на парсуне «Патриарх Никон с клиром».

Осенью 1659 г. «работы по Воскресенскому монастырю остановились», поскольку «начатого строения окончить было некем и нечем», сам же Патриарх Никон выехал в свои монастыри Иверский и Крестный.

Архим. Герасим нес в обители многообразные труды по устроению монашеской жизни и духовному окормлению братии. В его настоятельство под начальством Святейшего Патриарха Никона собрались монашествующие и бельцы со всех концов России и из-за рубежа – греки и поляки, черкасы (малороссияне) и белорусы, новокрещеные немцы и евреи.

В январе 1661 г. архим. Герасимом было записано бывшее Патриарху Никону видение московских святителей в Успенском соборе. После возвращения Патриарха Никона из Иверского и Крестного монастырей, весной 1661 г. начинается переустройство отходной пустыни и завершается освящением в 1662 г. церкви свв. апостолов Петра и Павла, совершенном Патриархом Никоном.

23 октября 1661 г. закончено написание «Церковного устава и монастырского чина» Воскресенского монастыря – по замыслу Патриарха в обители должен был соблюдаться Иерусалимский устав с отправлением некоторых чинов, которые совершаются только в храме Гроба Господня. При архим. Герасиме окончен вчерне почти весь Воскресенский собор – доведен до сводов, в 1662 г. Патриархом Никоном освящены три придела Воскресенского собора: Голгофский, Иоанна Предтечи и Успения Пресвятой Богородицы. 16 октября 1662 (7171) г. в монастырь принесена чудотворная икона Божией Матери «Троеручица».

Как настоятель монастыря архим. Герасим принимал непосредственное участие в тяжбах, которые пришлось в этот период вести Патриарху Никону с соседями-вотчинниками.

На Благовещение 1665 г. Патриарх Никон вызвал опытных мастеров-плотников из Иверского монастыря, и они за одно лето возвели вокруг строящегося Воскресенского монастыря деревянный «город» с восемью башнями, четырьмя воротами, брусяной церковью на «градской стене» во имя Трех Святителей. Эти же мастера построили патриаршие кельи-хоромы.

В 1665 г. под наружной лестницей на Голгофу Патриархом Никоном были погребены иподиакон Никита Никитин, пострадавший за передачу в декабре 1664 г. Святейшему Патриарху писем от боярина Н.А. Зюзина, и мастер Петр Заборский, «рукодельных хитростей изрядный ремесленный изыскатель», потрудившийся в украшении соборного храма Воскресения «в ценинных и иных делах немалое время».

Архим. Герасим скончался в монастыре 5 декабря 1665 г. и был погребен, вероятно, на братском кладбище за алтарем Воскресенского собора.

Последний, назначенный самими Патриархом Никоном, настоятель монастыря. Был поставлен в архимандриты 25 декабря 1665 г. из казначеев Воскресенской обители. Архим. Акакию и наместнику Леониду Патриарх Никон доверил в сентябре 1666 г. доставить Царю подарок для новорожденного царевича Иоанна Алексеевича, написанную им икону Честной главы св. Иоанна Предтечи с вложенной святыней – частицей крови святого, и благодарственное письмо за пожалованные по случаю рождения царевича деньги.

30 ноября 1666 г. архим. Акакий сослужил Патриарху Никону при совершении им своей последней Божественной литургии в Голгофской церкви недостроенного Воскресенского собора, потом вместе со всей братией провожал Святейшего Патриарха до креста на Елеонской горе, где Святейший подал последнее благословение братии и простился с ней.

При архим. Акакии завершился первый строительный период в истории Воскресенского монастыря, который справедливо назвать «патриаршим», поскольку он проходил под непосредственным руководством и при непосредственном и живейшем участии Патриарха Никона, и который завершился с осуждением Патриарха 12 декабря 1666 г. Решением Собора Воскресенский монастырь запретили именовать Новым Иерусалимом, всякое строительство в нем прекратилось, лучшие мастера были взяты в Москву.
Архим. Акакий скончался в 1669 г. и погребен на братском кладбище за алтарем Воскресенского собора.

Опубликована расписка от 11 января 1670 г. о принятии в монастырскую казну казначеем монастыря иеромонахом Исаей «росписи каменью» от архим. Акакия. Это может быть ошибкой, а может быть, смена архимандритов произошла не в 1669 г., как указано у арх. Леонида, а в 1670.

О нем почти ничего не известно. По оставлении настоятельства жил в обители на покое. Подписал челобитную как бывший архимандрит в декабре 1679 г. братии Воскресенского монастыря Царю Феодору Алексеевичу с просьбой о возвращении Патриарха Никона из ссылки. Скончался, видимо, в монастыре, и погребен на братском кладбище за алтарем Воскресенского собора.

В монастырских документах 1665–1669 гг. упоминается как иеромонах, строитель Воскресенского монастыря. До назначения в настоятели Воскресенской обители был в сане архимандрита настоятелем Костромского Ипатиевского Троицкого монастыря. О дате и месте его кончины сведения разнятся. Скорее всего, он скончался в 1680 г. и погребен на братском кладбище за алтарем Воскресенского собора, но, возможно, что и в 1674. По данным монастырской Описи 1679 г., – проживал на покое в Ипатиевском монастыре, был за что-то посажен в земляную темницу, скончался в схиме и погребен в том же монастыре.

Архим. Тихон по именному царскому указу был назначен настоятелем Воскресенского монастыря из Макарьева монастыря, откуда уже было и выехал к новому месту служения, но более о нем ничего не известно.
В Макариево-Желтоводском монастыре в 1675–1677 гг. был архим. Тихон, который 19 января 1680 г. по именному указу был определен келарем Савво-Сторожевского монастыря. Возможно, именно о нем идет речь.

Иеромонах Филофей исправлял должность казначея при Патриархе Никоне, заведывал патриаршей келейной рухлядью и собственной казной, в 1664–1666 гг. был строителем московского Воскресенского подворья. В управление монастырем вступил в декабре 1673г.

В октябре 1674 г. архим. Филофею приказано было прислать в Москву «книги письменные, и харатейные, и латинские, и греко-латинские, пересмотря, и мощи преподобных отец Печерских, да саккос Цареградский». По этому указанию из монастыря и его московского подворья было взято в патриаршую ризную казну около 500 книг, в число которых вошли рукописи, привезенные Сухановым с Афона и посланные в 1658 г. к Патриарху Никону в Воскресенский монастырь, а также значительная часть книжных вкладов Патриарха. Верный ученик Патриарха Никона Герман, бывший в то время строителем монастыря, видимо, протестовал против такого разорения, потому что архим. Филофею велено было сыскать строителя Германа с товарищи «в бою и о срыве казенной печати и о ключах», и оба по патриаршему указу были наказаны плетью и шелепами за «учиненные бесчинства».

Он принимал в обители Царя Феодора Алексеевича с царским семейством трижды. Первый раз – 5–8 сентября 1678 г., когда государь изволил распорядиться о восстановлении нарушенного с осуждением Патриарха Никона устава церковного и чина монастырского, завещанного им своим духовным чадам «хранить и впредь твердо и нерушимо» и повелел список устава прислать к нему. Второй раз – 5 декабря 1678 г., когда Царь Феодор Алексеевич пожаловал монастырю церковные сосуды и жалованную грамоту на две соляные варницы в Камских усольях, ему же был подан изложенный письменно «Устав обители и весь чин церковный», и он приказал архим. Филофею, строителю Герману и казначею Сергию «имянно», чтобы они хранили твердо и неизменно весь чин монастырский, как было при Патриархе Никоне. Третий раз – с 29 ноября по 1 декабря 1679 г. Плодом этого посещения было решительное объявление царской воли о продолжении начатого Патриархом Никоном строительства соборного храма Воскресения Христова по Иерусалимскому образцу. Вести это строительство пришлось уже другому настоятелю. 13 сентября 1679 г. по указу Царя Феодора Алексеевича дьяком Федором Тютчевым все церковное и монастырское имущество и книгохранилище было переписано.

Приезжая в Воскресенский монастырь, Царь останавливался в деревянных кельях Патриарха Никона, почему с этого времени они стали именоваться «царскими хоромами».

В январе 1680 г. архим. Филофей по царскому указу был уволен и оставлен за старостью в монастыре на покое. 15 февраля 1683 г. бывший архим. Филофей принимал в обители, оставшейся на тотмомент без настоятеля, Патриарха Московского Иоакима, приехавшего впервые совершить поминовение Патриарха Никона после получения в сентябре 1682 г. разрешительных грамот Восточных Патриархов. Патриарх Иоаким пел панихиду у гроба Патриарха перед Литургией, которую он совершил на Голгофе, одновременно в приделе Иоанна Предтечи Литургию служил архимандрит московского Богоявленского монастыря за ветошным рядом Амвросий. После Литургии Патриарх трапезничал с братией и жаловал всех милостыней.

Архим. Филофей скончался в монастыре и был погребен, вероятно, на братском кладбище за алтарем Воскресенского собора.

Переведен в Воскресенский монастырь в феврале 1680 г. из настоятелей Тихвинского Успенского монастыря Новгородской епархии. При нем в обители подошли к завершению строительства Воскресенского собора. 13–14 сентября 1680 г. он принимал в обители Царя Феодора Алексеевича с Царицей и царевнами.

25 октября 1680 г. архим. Варсонофий скончался Москве на подворье Воскресенского монастыря, отпевание его совершил в тот же день Патриарх Иоаким. По велению Царя Феодора Алексеевича архим. Варсонофий был погребен в церкви св. ап. Андрея Первозванного под колокольней Воскресенского собора, где сохранилась белокаменная плита с эпитафией. 2 декабря 1680 г. Царь Феодор Алексеевич посетил обитель и объявил братии о своем желании возвратить им их архипастыря на место умершего архим. Варсонофия и предложил подать ему прошение за своими подписями, которое и было ему подано на следующий день, при его отъезде.

Жил в обители с юных лет, был любимым учеником, пострижеником и келейником Патриарха Никона. В чине иподиакона изображен на парсуне «Патриарх Никон с клиром». Нес послушание уставщика обители. В монастырских документах 1673 г. упоминается как соборный старец, в 1674–1676 гг. как строитель. Участвовал в составлении «Устава церковного и Чина монастырского», где были описаны особенности «в пении, в чтении и во всяком благочинии церковном и монастырском», сложившиеся в обители при Патриархе Никоне. В марте 1681 г., по выбору Царя Феодора Алексеевича, был избран братией монастыря в настоятели. 12 июля по царскому указу он служил молебен о здравии новорожденного царевича Илии. В августе им было получено письмо Патриарха Никона к братии монастыря со слезной просьбой бить челом государю о возвращении его в Воскресенский монастырь, ибо его «жития конец приходит». Новое челобитье новоиерусалимской братии не осталось безответным, и Феодор Алексеевич добился разрешения Собора и приказал возвратить Святейшего Никона в Воскресенскую обитель.

26 августа 1681 г. архим. Герман встретил гроб скончавшегося в пути Патриарха Никона и сам облачил Святейшего Патриарха в погребальные одежды, сослужил в чине погребения Святейшего и на следующий день провожал государя из обители. Он начал вести записи о чудесных знамениях и исцелениях, бывших у гроба Патриарха. 28 января 1682 г. к архим. Герману приходил дворянин Матфей Оборин и рассказал о бывшем ему видении Патриарха Никона, помогшего ему отыскать пропавших лошадей. 17 июля 1682 г. заложена церковь свт. Николая Чудотворца близ южных врат Воскресенского собора, водружением подпрестольного креста с памятной надписью. 11 сентября 1682 г. обитель посетили царевны Татиана Михайловна и Софья Алексеевна и избрали место для построения теплого соборного храма во имя Рождества Христова.

Архим. Герман имел чрезвычайные способности к церковному пению и духовной поэзии, в историю русской стихотворной культуры он вошел как выдающийся мастер акростиха, им написано множество церковных песнопений и две стихотворные эпитафии на гробницу Патриарха Никона.

Отошел ко Господу 11 декабря 1682 г. и погребен в церкви Андрея Первозванного под колокольней, где сохранилась вмурованная в западную стену белокаменная плита с резной стихотворной эпитафией, написанной летописцем и настоятелем Воскресенского монастыря в 1686–1698 гг. архим. Никанором. Отходя от жития сего, архим. Герман написал своей рукой духовную, в которой завещал братии и архимандриту, который будет после него, чин церковный писанный и неписанный хранить, «якоже ставися при отце нашем, да и сам сохранен будет от всякаго злаго поречения».

Управлял Воскресенской обителью с июля 1683 г. по январь 1686 г. (по другим данным – до 1685 г.). Откуда взят на настоятельство неизвестно.

При нем в октябре 1683 г. в Воскресенский монастырь возвращена из Ферапонтова монастыря церковная утварь (более 20 предметов), пожалованная в свое время Царем Алексеем Михайловичем Патриарху Никону для церкви Богоявления, где Святейший слушал церковные службы.

4–6 декабря 1683 г. архим. Никифор принимал в обители Царя Иоанна Алексеевича с царевнами Татианой Михайловной, Софьей и Марфой Алексеевнами. 23 августа 1684 г. Патриарх Иоаким слушал Литургию в церкви Иоанна Предтечи и после нее служил панихиду по Патриарху Никону. 18 января 1685 г. Патриарх Московский Иоаким совершил освящение главного престола Воскресенского собора в присутствии Царя Иоанна Алексеевича с синклитом и в сослужении всего освященного собора, а на следующий день служил соборне панихиду по Патриарху Никону, архим. Никифором было написано «Сказание» на освящение собора. В этом же году освящен надвратный деревянный храм Входа Господня в Иерусалим. Архим. Никифор исходатайствовал льготы для крестьян монастырских вотчин, в частности, безвозмездный пропуск с хлебом и невзимание подвод под казенный извоз.
Скончался и погребен, вероятно, в Воскресенском монастыре на братском кладбище за алтарем Воскресенского собора.

Постриженник Патриарха Никона, видимо, принадлежал к числу тех литовских юношей, которых Царь Алексей Михайлович отдал Патриарху Никону по возвращении из Польского похода. Патриарх воспитал их при себе и сделал чтецами и певцами. В 1667 г. он хранитель монастырского книгохранилища, затем строитель Ильинского подворья в Москве, в 1674 г. строитель Галилейской пустыни на озере Велье. В 1678 г., будучи уставщиком, принимал участие в написании Устава, бывшего при Патриархе Никоне, и написал предисловие к нему.

В настоятели назначен 17 января 1686 г. из казначеев обители. Был первым историком обители и стихотворцем. Им составлена «Летопись» об основании Воскресенского монастыря, вырезанная на камне при южных дверях Воскресенского собора, и надпись-акростих на могилу архим. Германа I. В 1686 г. он принимал в обители митрополита Леонтия, прибывшего с Афона в Москву ради милостыни, расспрашивал его об особенностях иконы Божией Матери «Троеручица» и записал афонское предание, дополнив его другими историческими сведениями.

По просьбе архим. Никанора с братией в марте 1686 г. Воскресенскому монастырю была дана царская жалованная вечно утвержденная грамота «…дабы та святая обитель в православии и в благочестии и в изобилии в век непременно и неподвижно паче сияла… и для вечного блаженного поминовения государей Российского царствия и за всех сущих в ней православных христиан… и в той святой обители положено тело великого господина Святейшего Никона Патриарха Московского и всея Руси».

В 1690 г. было освящено несколько церквей: 6 апреля – церковь Всех Святых под колокольней, первоначально именовавшаяся во имя Андрея Первозванного; 29 апреля – придел архистратига Михаила и прочих небесных сил бесплотных в Воскресенском соборе, под Голгофой, в котором в 1689 г. был погребен иподиакон и жизнеописатель Патриарха Никона Иоанн Шушерин; 12 сентября – земляная церковь свв. равноап. Царей Константина и Елены. В этом же г. освящен придел во имя свт. Николая в южной части Воскресенского собора, к северу от колокольни, благоукрашенный на средства супруги Царя Иоанна Алексеевича Прасковии Феодоровны, и повторно освящена церковь Усекновения главы пророка, предтечи и крестителя Господня Иоанна, обновленная усердием царевны Татианы Михайловны после погребения в ней 26 августа 1681 г. Святейшего Патриарха Никона.

24 мая 1691 г., в день памяти прп. Никиты столпника Переяславского, в Воскресенском соборе сторожу Диомиду было видение Патриарха Никона, который преподал мир «всем на месте сем живущим» и, назвав себя «месту сему фундатором», повелел сказать «обителя сея порученному начальнику, чтоб в церкви Иоанна Предтечи над сим гробом моим во вся дни отправляли литургию и панихиды, пели бы память мою в сей день тезоименитаго моего угодника Никите Переславскому чудотворцу празднество, а близ гроба моего не погребали бы – утеснение мне чинят». При этом свечи лампады в соборе оказались воззженными. С того времени неопустительно стали ежедневно совершать Литургию и по субботам петь панихиды над гробом Патриарха, также и 24 мая отправлялась Литургия и панихида. В 1691 г. царевна Татиана Михайловна пожертвовала в Воскресенскую обитель «длань десныя руки» св. мчц. Татианы в серебряном ковчеге. Впоследствии этот ковчег с мощами, помещенный в большой киот с резной сенью, был установлен в северной части Воскресенского собора, вблизи придела Рождества Пресвятой Богородицы.

13 декабря 1692 г. Патриархом Адрианом в присутствии царевны Татианы Михайловны было совершено освящение церкви Рождества Христова, сооруженной одновременно с тремя большими Трапезными палатами, примыкавшими к ней на втором этаже с запада, в 1686–1690 гг. иждивением царевен Татианы Михайловны и племянницы ее, правительницы Софии Алексеевны. Освящение церкви задерживалось в связи со случившимся вскоре по завершении постройки пожаром. Накануне освящения Татиана Михайловна вложила в храм икону Божией Матери Петровскую в золотом чеканном окладе, украшенном рубинами, сапфирами, изумрудом и жемчугом, список чудотворного образа, написанного митр. Московским Петром. 14 декабря Патриарх Адриан служил панихиду по Патриарху Никону.

В 1694 г. закончено строительство монастырской каменной ограды.

27 августа 1695 г. в Воскресенском монастыре «верховому комнатному истопнику» Ивану Ильину было видение Патриарха Никона, наказавшего его расслаблением, за то, что побывав в обители, тот не пел панихиды над гробом Святейшего. Ильин вернулся в монастырь и был исцелен после совершения панихиды.

В мае 1697 г. освящена надвратная каменная церковь Входа Господня в Иерусалим. В 1696 г. разобрана деревянная церковь Воскресения Христова, стоявшая к югу от Рождественского храма, и к 1698 г. здесь усердием царевны Татианы Михайловны возведены каменные больничные палаты с церковью Трех Святителей, прежде бывшей на деревянной городовой стене при хоромах Патриарха Никона, освящена 18 апреля 1698 г.

Дальнейшая судьба архим. Никанора неизвестна. Возможно, он был погребен в Воскресенском монастыре на братском кладбище за алтарем Воскресенского собора, но может быть и был переведен в Воронежский Акатов монастырь. Во всяком случае, П. Строев указывает в числе настоятелей Акатова монастыря в 1700 (?), 1703 и 1704 гг. Никанора
.
По сведениям Е. Поселянина архим. Никанор в XVII в. перевез икону Божией Матери «Троеручица» в Воронеж, в Алексеевский Акатов монастырь, где она почиталась чудотворной, о чем свидетельствовали многочисленные привески к ней. Если сведения верны, то архим. Никанор мог взять с собой эту икону при переводе в этот монастырь.

Выходец из Казани. Архимандритом Воскресенского монастыря назначен 13 октября 1698 г. из игуменов Казанской Раифской Богородицкой пустыни. Есть мнение, что в Раифскую пустынь он был взят из строителей Воскресенского монастыря по просьбе митр. Казанского Адриана, будущего Патриарха (архим. Адриан был поставлен в митр. Казанского и Свияжского 21 марта 1686 г., а во Патриарха – 24 августа 1690 г.).

Архим. Герман с 1698 г. был схимником. Скончался 26 июня 1699 г. и погребен у восточной стены Голгофского придела Воскресенского собора. Сохранилась каменная резная надгробная плита в наружной стене Голгофского придела.

В 90-е гг. XVII в. было закончено возведение основного комплекса Воскресенского монастыря, завершены строительством идеи, заложенные Патриархом Никоном, воплощенные и развитые его учениками и ближайшими сподвижниками. Построены и освящены каменные собор во имя Воскресения Христова с шестью престолами, церковь Всех Святых под колокольней, земляная церковь свв. равноап. Константина и Елены, теплый соборный храм Рождества Христова, церковь Трех Святителей при настоятельских покоях. Возведена каменная ограда монастыря с надвратной церковью Входа Господня в Иерусалим, за оградой на берегу реки Истры, переименованной в Иордан, – отходная пустынь с двумя церквами, Богоявления и апостолов Петра и Павла. Над памятным крестом на Елеонской горе поставлена часовня. Вокруг обители, вблизи и вдали, «учинены многия веси и наречены именами по образу древняго Иерусалима, яже есть: Иордан, Елеон, Фавор, Вифиния, Рама, Вифлеем, Самария, Сидон, Назарет, Капернаум, Галилея».