Патриарх Никон начинал свою монашескую жизнь в Троицком Анзерском скиту на Соловецких островах, где под духовным водительством преподобного Елеазара Анзерского († 1656) подвизался в подвигах пустынножительства, поста и молитвы.

Будучи Патриархом, Первосвятитель оставался строгим аскетом, стремившимся исполнять келейное молитвенное правило Анзерского скита. Поэтому первым сооружением, которое он воздвиг в Новом Иерусалиме, была Богоявленская пустынь на берегу Истры-Иордана, предназначенная для уединения во время постов.

Первоначально Пустынь стояла на острове, который с одной стороны огибала река Истра, а с другой соединенный с нею подковообразный канал.

Возведение Пустыни началось, по-видимому, в 1657 году. Первоначально это были двухэтажные палаты, к которым с востока примыкала четырехстолпная церковь Богоявления Господня.

В 1661–1662 годах Патриарх Никон перестроил Пустынь, превратив ее в «столп каменный о четырех апартаментах». В первом этаже «столпа» находились хозяйственные палаты. Во втором — прихожая и помещения для келейников. В третьем — церковь Богоявления Господня с трапезой, келия Патриарха с прихожей и «приемная» палата. Четвертый этаж составляют сооружения, стоящие на плоской кровле: церковь святых первоверховных апостолов Петра и Павла, келия Патриарха Никона и звонница. Все четыре «апартамента» соединяет узкая винтовая лестница.

При входе в Пустынь поражает резкое различие между ее внешним и внутренним обликом. Высокое, строго торжественное снаружи здание выглядит внутри низким и тесным. Это объясняется расчлененностью пространства на небольшие палаты, предназначенные для одного-двух человек.

Восходя на свой «столп» во время постов, Патриарх Никон совершал богослужения как простой иерей, спал не более трех часов в сутки, а остальное время проводил в безмолвии, богомыслии и ученых занятиях. Летом он молился на кровле Пустыни в церкви святых апостолов Петра и Павла и отдыхал в маленькой келии на каменной скамье.

Облик сооружения напоминает и пирги (монастырские башни) Святого Афона, и «столпы» восточнохристианских подвижников. Вместе с тем это и образ обители Небесной, райского селения, где при Патриархе Никоне плавали лебеди, разгуливали павы и павлины. В Пустыни звучит тема «жизни будущего века», куда ведет «узкий путь» крестоношения, молитвы и поста.

Посвящение главного престола «столпа» Богоявлению «возводит ум» к топографическому первообразу — реке Иордан на Святой Земле, в водах которой Господь освятил все водное естество.