Храм Рождества Христова возводился в 1686 – 1690 годах одновременно с тремя большими Трапезными палатами, примыкающими к нему на втором этаже с запада. Место для строительства было выбрано царевной Татианой Михайловной и правительницей Софьей Алексеевной в той части монастыря, где находились «старые каменные службы», сооруженные в период пребывания в монастыре Патриарха Никона. К югу от них стояла деревянная церковь Воскресения Христова, впоследствии разобранная.

28 июня 1686 года Патриарх Иоаким выдал монастырю грамоту на построение храма. Сооружение корпуса велось на средства царевны Татианы Михайловны и завершилось через три строительных сезона. Однако вскоре случился пожар, и освящение церкви с палатами было совершено Патриархом Адрианом только 13 декабря 1692 года.

Архитектура церкви Рождества Христова типична для русского зодчества конца XVII столетия. Второй этаж храма представляет собой четверик с двумя рядами окон и сомкнутым сводом, на котором поставлены два глухих восьмерика, завершенных главкой с крестом.

Первоначально вдоль восточного фасада палат и церкви находилась паперть с гульбищем, огражденным сверху сквозным парапетом с кирпичным балясником, подобным баляснику монастырской ограды. Лестница на гульбище располагалась против южной трапезной палаты. Поднявшись на нее, можно было войти в храм с южной стороны, а также обойти его снаружи.

Над убранством церкви и палат трудились монах-иконописец Соломон, живописец Иван Фадеев, что «писал к трапезе клиросы и скамьи», мастер Степан Иванов Полубес, изготовивший изразцы для трех печей в центральной палате.

В церкви Рождества Христова был устроен четырехъярусный тябловый иконостас. 12 декабря 1693 года царевна Татиана Михаловна вложила в храм Петровскую икону Божией Матери в золотом чеканном окладе, украшенном рубинами, сапфирами, изумрудами и жемчугом. Ныне этот образ хранится в музее «Новый Иерусалим».

Царевна-храмоздательница определила назначение каждой из трех больших палат. Центральная трапеза, соединенная арочными проемами с Рождественским храмом, использовалась как «общая всем человеком приходящим молитися», вторая предназначалась для трапез братии, третья была «гостиная мирским ясти всяких чинов людям».

В середине XVIII века вдоль восточного фасада корпуса была построена каменная галерея с деревянной кровлей и перилами, заменив прежнюю паперть с гульбищами. Большая и южная палаты были украшены росписью «под мрамор» зеленого и багряного цвета, лепниной в виде завеса с кистями над растесанными окнами и «балясами» вдоль стен. Это барочное убранство придало интерьеру палат светский, дворцовый характер.

23 мая 1792 года в монашеской кухне случился большой пожар, и от Трапезных палат остались только стены. Иконы и другие предметы церковного обихода удалось спасти, но «с великим повреждением». Восстановительные работы велись с 1792 по 1795 год при настоятеле обители архимандрите Варлааме (Головине) под руководством архитектора М. Ф. Казакова. В корпусе заново проложили проемные связи, сделали и покрыли листовым железом стропила со слуховыми окнами. К западному фасаду палат для укрепления стен пристроили кирпичные контрфорсы. Галерея вдоль восточного фасада Трапезных палат была оформлена в стиле классицизма штукатурной рустовкой и сдвоенными пилястрами с покраской в желто-белый цвет.

В 1810 году по распоряжению настоятеля обители архимандрита Мелхиседека II (Минервина) в храме Рождества Христова был устроен деревянный потолок на двух кирпичных столпах. В 1840 году стены и потолок были покрыты росписями на тему Евангельских событий и притч, выполненными под руководством Ивана Ивановича Строева.

К началу 1850-х годов назрела необходимость разобрать кирпичные столбы и потолок, которые затемняли храм и уменьшали его внутреннее пространство. Настоятель монастыря архимандрит Мелхиседек III (Сокольников) предложил вернуть церкви первоначальный вид, что и было сделано. Работы велись под наблюдением архитектора К. А. Тона, ученики которого — академики Иосиф Степанович Каминский и Яков Иванович Реймерс — создали для храма проект нового иконостаса, осуществленный в 1853 году на пожертвования П. Г. Цурикова.

По конструкции иконостас был тябловым, трехъярусным, завершенным фризом из кокошников. «Тело» иконостаса, а также деревянные резные клиросы и киоты, к ним примыкающие, были окрашены светло-голубой краской детали вызолочены. Иконографический состав иконостаса раскрывал значение храма Рождества Христова как Вифлеемской церкви. Своеобразием отличался праздничный чин, состоявший из девяти икон с изображением Евангельских событий, относящихся к Рождеству и детским годам Спасителя.

В киот за южным клиросом была помещена икона Божией Матери «Троеручица» — список с чудотворного образа, привезенного Патриарху Никону из сербской Хиландарской лавры на Святом Афоне 13 октября 1663 года. Древняя икона, украшенная в 1756 году серебряным вызолоченным окладом находилась летом в Воскресенском соборе, а на зиму переносилась в теплый храм Рождества Христова. В 1854 году с чудотворного образа был сделан точный список; новую икону облачили в оклад 1756 года и поместили в Рождественской церкви. Древний же образ был украшен новым окладом и оставлен в Воскресенском соборе. Промыслом Божиим список с чудотворной иконы сохранился. Ныне икона Божией Матери «Троеручица» в серебряном барочном окладе находится в музее «Новый Иерусалим».

После 1919 года церковные интерьеры в Трапезных палатах подверглись варварскому уничтожению. В 1922 году был сожжен в бывшей монастырской бане иконостас храма Рождества Христова.

В декабре 1941 года Рождественская церковь почти не пострадала, хотя в северной трапезной палате был разрушен свод, а кровли на остальных помещениях сгорели вместе с деревянными конструкциями. Реставрационные работы, начавшиеся в 1958 году, велись в последующее десятилетие Центральными научно-реставрационными мастерскими Госстроя СССР под руководством архитектора А. М. Климанова. В этот период восстанавливались своды палат и белокаменные наличники окон на восточном фасаде. Внутри палат были разобраны две печи (изразцы от них сданы в музей), удалены фрагменты лепнины и живописи. В настоящее время восстановлен первоначальный архитектурный облик интерьеров храма Рождества Христова и Трапезных палат, тогда как фасады корпуса сохранили сочетание форм и деталей XVII—XIX веков.

В конце 1970-х годов в церкви был произведен ремонт, деревянные полы заменены паркетными, устроена солея. Под полами в Трапезных палатах были обнаружены душники - кирпичные каналы, по которым циркулировал теплый воздух из печей по храму и палатам.

9 октября 1995 года церковь Рождества Христова была передана Русской Православной Церкви. В ноябре 1996 года начался капитальный ремонт храма. Его сопровождали научные исследования, в процессе которых были обнаружены гнезда для крепления тябел первоначального иконостаса, зафиксированы следы растесок оконных проемов и перекладок стен XVIII—XIX веков. В нише северной стены алтаря были открыты остатки белокаменного рукомоя XVII века, подобного тем, что сохранились в Воскресенском соборе.

Тогда же ведущим архитектором церкви Рождества Христова Мариной Юрьевной Горячевой выполнен проект нового иконостаса. Предполагалось, что он будет тябловым, пятиярусным, близким первоначальному. Образцом для орнаментальных мотивов послужила уникальная резьба Красных врат Воскресенского собора. В феврале 1997 года были установлены два нижних яруса иконостаса, изготовленных из дуба. Резьба выполнена бригадой белорусских резчиков, которую возглавлял В. П. Карачун.

Освящение храма Рождества Христова было совершено 6 декабря 1997 года Патриархом Московским и всея Руси Алексием II. Первое после 305-летнего перерыва Патриаршее богослужение ознаменовало начало возрождения Ново-Иерусалимского Вифлеема.

Зеленская Г.М.