Первая надвратная монастырская церковь, освященная в 1685 году, была деревянной. Сооружение каменного храма происходило одновременно с начатым в 1690 году строительством крепостной стены вокруг обители. Освящение надвратной церкви было совершено в мае 1697 года настоятелем монастыря архимандритом Никанором.

Подрядную на строительство стен и башен заключил с Воскресенским монастырем «каменных дел подрядчик Якушка Григорьев, сын Бухвостов, с товарищи». Речь идет о крепостном крестьянине окольничего Михаила Юрьевича Татищева, замечательном русском зодчем Якове Григорьевиче Бухвостове. Он вошел в историю отечественного храмоздательства сооружением Успенского собора в Переславле Рязанском (1698—1704) и храмов в честь Нерукотворенного образа Спасителя в подмосковном селе Уборы (1694-1697) и Живоначальной Троицы в селе Троице-Лыковом близ Москвы (1698-1704). Церкви в Рязани и Уборах сооружались почти одновременно с возведением крепостной ограды в Новом Иерусалиме, и, по-видимому, в связи с этим Я. Г. Бухвостов передал подряд на строительство надвратной церкви Воскресенского монастыря другим зодчим - костромским крестьянам Филиппу Ивановичу Папуге и братьям Емельяну и Леонтию Михайловым.

10 декабря 1941 года церковь Входа Господня в Иерусалим была полностью разрушена. Воссоздание её велось в 1970—1976 годах по проекту архитектора Г.А. Ларионова.

В 2010-2013 годах проведена масштабная реставрация, в стиле ХVII века воссозданы уникальный резной иконостас с 32-мя рукописными иконами, по результатам археологических исследований воссоздана лестница на галерею.

13 ноября 2011 года, наместником Воскресенского Ново-Иерусалимского ставропигиального мужского монастыря игуменом Феофилактом (Безукладниковым) в сослужении игумена Георгия (Бучмы), штатного клирика монастыря иерея Алексия Полещука, клирика храма «Отрада и Утешение» (Ватопедской) иконы Божией Матери на Ходынском поле близ Солдатенковской, ныне Боткинской, больницы диакона Александра Туманова, совершен чин закладки храма в Надвратном храме Входа Господня во Иерусалим 31 октября/13 ноября 2011 года в Неделю 22-ю по Пятидесятнице на память святых апп. от 70-ти Стахия, Амплия, Урвана, Наркисса, Апеллия и Аристовула. В закладном камне под крестом положены мощи святого мученика Севастиана Медиоланского, Римского, начальника дворцовой стражи (память 18/31 декабря).

5 ноября 2013 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл посетил Воскресенский Ново-Иерусалимский ставропигиальный мужской монастырь в г. Истра Московской области.

У святых врат обители Предстоятеля Русской Православной Церкви встречали: наместник Ново-Иерусалимского монастыря игумен Феофилакт (Безукладников) с братией; председатель правления Благотворительного фонда по восстановлению Ново-Иерусалимского монастыря, специальный представитель Президента РФ по взаимодействию с Форумом стран — экспортеров газа В.А. Зубков; директор проекта «Новый Иерусалим» И.К. Орынчук.

В монастырь также прибыл председатель Правительства Российской Федерации, сопредседатель Попечительского совета фонда по восстановлению Ново-Иерусалимского монастыря Д.А. Медведев.

Святейший Патриарх Кирилл и Д.А. Медведев поднялись на галерею надвратной церкви Входа Господня в Иерусалим, откуда осмотрели архитектурный ансамбль монастыря.

Предстоятель Русской Церкви совершил чин малого освящения надвратного храма. Его Святейшеству сослужили игумен Феофилакт и иеромонах Гавриил (Баглай). Пел хор Ново-Иерусалимского монастыря (регент — Андрей Брильков).

По окончании богослужения игумен Феофилакт приветствовал Святейшего Владыку. Председателю Правительства Д.А. Медведеву наместник Ново-Иерусалимской обители подарил Владимирскую икону Божией Матери, изготовленную в технике финифти, В.А. Зубкову — список иконы Божией Матери «Отрада и Утешение». Предстоятель Русской Церкви обратился к собравшимся с кратким словом и передал в дар храму икону Христа Спасителя.