Жил в обители с юных лет, был любимым учеником, пострижеником и келейником Патриарха Никона. В чине иподиакона изображен на парсуне «Патриарх Никон с клиром». Нес послушание уставщика обители. В монастырских документах 1673 г. упоминается как соборный старец, в 1674–1676 гг. как строитель. Участвовал в составлении «Устава церковного и Чина монастырского», где были описаны особенности «в пении, в чтении и во всяком благочинии церковном и монастырском», сложившиеся в обители при Патриархе Никоне. В марте 1681 г., по выбору Царя Феодора Алексеевича, был избран братией монастыря в настоятели. 12 июля по царскому указу он служил молебен о здравии новорожденного царевича Илии. В августе им было получено письмо Патриарха Никона к братии монастыря со слезной просьбой бить челом государю о возвращении его в Воскресенский монастырь, ибо его «жития конец приходит»[1]. Новое челобитье новоиерусалимской братии не осталось безответным, и Феодор Алексеевич добился разрешения Собора и приказал возвратить Святейшего Никона в Воскресенскую обитель.
26 августа 1681 г. архим. Герман встретил гроб скончавшегося в пути Патриарха Никона и сам облачил Святейшего Патриарха в погребальные одежды, сослужил в чине погребения Святейшего и на следующий день провожал государя из обители. Он начал вести записи о чудесных знамениях и исцелениях, бывших у гроба Патриарха. 28 января 1682 г. к архим. Герману приходил дворянин Матфей Оборин и рассказал о бывшем ему видении Патриарха Никона, помогшего ему отыскать пропавших лошадей. 17 июля 1682 г. заложена церковь свт. Николая Чудотворца близ южных врат Воскресенского собора, водружением подпрестольного креста с памятной надписью. 11 сентября 1682 г. обитель посетили царевны Татиана Михайловна и Софья Алексеевна и избрали место для построения теплого соборного храма во имя Рождества Христова.
Архим. Герман имел чрезвычайные способности к церковному пению и духовной поэзии, в историю русской стихотворной культуры он вошел как выдающийся мастер акростиха, им написано множество церковных песнопений и две стихотворные эпитафии на гробницу Патриарха Никона.
Отошел ко Господу 11 декабря 1682 г. и погребен в церкви Андрея Первозванного под колокольней, где сохранилась вмурованная в западную стену белокаменная плита с резной стихотворной эпитафией, написанной летописцем и настоятелем Воскресенского монастыря в 1686–1698 гг. архим. Никанором. Отходя от жития сего, архим. Герман написал своей рукой духовную, в которой завещал братии и архимандриту, который будет после него, чин церковный писанный и неписанный хранить, «якоже ставися при отце нашем, да и сам сохранен будет от всякаго злаго поречения»[2].
Леонид (Кавелин), архим. Месяцеслов... С. 45
Надписание церковнаго устава и монастырскаго чина // Никон, Патриарх. Труды / Науч. иссл., сост. и общ. ред. В.В. Шмидта. М., 2004. С. 757.