Переведен в Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь 13 апреля 1792 г. из настоятелей Псково-Печерского монастыря и ректоров Псковской семинарии.
23 мая 1792 г. в монашеской кухне случился пожар, в результате чего от Трапезных палат остались только стены, пострадал весь западный комплекс зданий, в том числе Больничные палаты, храм Рождества Христова и церковь Трех Святителей. В 1792–1795 гг. попечением настоятеля под руководством архитектора М.Ф. Казакова были проведены большие ремонтно-восстановительные работы, преобразившие наружный облик комплекса Трапезных палат в стиле классицизма.
В 1792 г. освящен придел во имя иконы Божией Матери Тихвинской, устроенный в юго-восточной части хор Воскресенского собора на пожертвования коллежского асессора Александра Герасимовича Воронца и его жены Ефросиньи Михайловны. Главной святыней придела была чудотворная Тихвинская икона Божией Матери, вложенная их семьей «для незабвенной памяти бывшаго милосердия Божыя от иконы Пресвятыя Богородицы и Приснодевы Марии». Икона помещалась в иконостасе, украшенная серебряным чеканным окладом, а перед ней – памятная медная вызолоченая доска с надписью о чуде оправдания оклеветанных, происшедшем после молитвы перед этим образом.
В 1792 г. в юго-восточной части хор Воскресенского собора иждивением полковника А.В. Сухово- Кобылина (1748–1815) устроен и освящен придел в честь Вознесения Господня[1]. По другим сведениям, он освящен в 1823 г.[2].
В июле 1795 г. иеромонашествующая братия подала настоятелю прошение, что «по знаменитости здешней церкви многие как из знаменитых особ, так и прочих разнаго состояния людей для обозрения и любопытства приезжают в сию обитель, коим показывают места и вещи чрез ризничаго и сторожей; и за то показывание ему ризничему производится от тех зрителей немалая денежная дача», и они, иеромонахи, «желают, чтобы им тоже показывать достопримечательности приезжающим и получать за это доход, дачи эти записывать в особую книгу». Просьба была удовлетворена: приезжающих «вне церковного пения» спрашивали «кто и откуда», открывали им церковь, по которой их водил иеромонах или иеродиакон с благословения настоятеля, а в его отсутствие – наместника. Если приезжали московские знакомые ризничего иеромонаха Клеопы, то он водил их сам. Водить приезжих по церквам во время богослужения запрещалось[3].
19 апреля 1797 г. архим. Варлаам принимал в монастыре Императора Павла I с супругой Императрицей Марией Феодоровной и великими князьями. Государыня «назначила соорудить придел во имя тезоименитой ея св. Марии Магдалины», который и начал сооружаться при архим. Варлааме по проекту М.Ф. Казакова в северной галерее ротонды Воскресенского собора. В 1798–1799 гг. вокруг земляной церкви для лучшей ее просушки был обведен канал из белого тесаного камня[4].
17 января 1799 г. архим. Варлаам был переведен в московский Новоспасский монастырь, где и скончался 20 марта 1811 г.
Леонид (Кавелин), архим. Месяцеслов... С. 8.
Зеленская Г. Новый Иерусалим: Путеводитель. С. 294.