Первый настоятель Воскресенского монастыря игумен Стефан до назначения состоял в клире Патриарха и был одним из приближенных к нему лиц. При нем было начато строительство монастыря, возведена первая деревянная церковь во имя Воскресения Христова и освящена Патриархом Никоном 17 июня 1657 г. в присутствии Царя Алексея Михайловича и синклита, тогда же впервые место, выбранное Патриархом для обители, и сам монастырь были впервые названы устами Царя Новым Иерусалимом. В сан архимандрита игумен Стефан был возведен 18 октября 1657 г., в день закладки каменного Воскресенского собора и установки памятного креста на холме, названном Елеон. В январе 1658 г. по жалованной царской грамоте учрежден торжок в деревне Котельниково, с которого архимандриту и братии разрешен сбор таможенных пошлин. В апреле 1658 г. начато строительство соборного храма Воскресения Христова. В 1658 г. построен в 150 саженях от монастыря, на берегу реки Истры, скит, или отходная пустынь, и 22 июня Патриархом Никоном заложена в нем Богоявленская церковь водружением на месте будущего престола подпрестольного креста с памятной надписью. По челобитной архим. Стефана Патриарху Никону 8 сентября 1658 г. обители дано подворье в Москве в Китай-городе на большой Ильинской улице «для игуменскаго и братскаго приезду».
2 мая 1658 г. архим. Стефан был посвящен Патриархом Никоном во архиеп. Суздальского и Тарусского. В начале своего епископского служения Стефан пострадал от доносов попа суздальской соборной церкви Никиты Добрынина (Пустосвята), будущего расколоучителя, и 20 августа 1660 г. был отозван с Суздальской кафедры и «ради пропитания» определен в Архангельский кремлевский собор для архиерейского совершения заупокойных служб по царям и князьям. Но в 1666 г. он был возвращен на Суздальскую кафедру и принимал участие в Соборе 1666 г., низложившем Патриарха Никона и осудившем его в ссылку. Архиеп. Стефан закончил свою жизнь печально, будучи 2 июля 1679 г. лишен сана и заточен сначала в Новгородский Лисицкий монастырь, а затем в Иосифо-Волоцкий, где и скончался в этом же 1679 г