Выпускник Александровской духовной академии (1794), ректор Псковской духовной семинарии (1810).
Назначен настоятелем Воскресенского монастыря 30 октября 1819 г. из архимандритов Псковского Спасо-Елиазарова монастыря.
5 сентября 1820 г. митр. Новгородским Серафимом было совершено освящение придела во имя блгв. кн. Александра Невского на хорах Воскресенского собора, рядом с одноименным престолом 1807 г. В приделе находилась необыкновенная серебряная дарохранительница в виде пещеры Гроба Господня, символически соединенной с горой Голгофой и увенчанной Голгофским Крестом.
10 марта 1821 г. архим. Афанасий хиротонисан во еп. Дмитровского, викария Московской епархии. В 1824 г. переведен на Тамбовскую кафедру и в этом же году потребовал от светских властей, опираясь на повеления Императора Александра I, чтобы помещики в воскресные и праздничные дни не обременяли своих крестьян барщиной. С 1829 г. еп. Донской и Новочеркасский, 11 января 1830 г. возведен в сан архиепископа. 17 июля 1842 г., в связи с потерей зрения, уволен на покой в Трегуляев Предтеченский монастырь близ Тамбова, где и скончался 7 мая 1847 г.