В центральной части кровли Богоявленской пустыни Патриарха Никона стоит восьмигранная церковь святых апостолов Петра и Павла. Крест с ее главки, сорванный в годы воинствующего атеизма, был найден в 1980 году в Кедронском потоке близ Пустыни и после реставрации водружен на свое историческое место. Вход в Петропавловкую церковь — через керамический портал на западной грани. Восточную часть пространства, где размещался алтарь, закрывал тябловый иконостас. В его первом ярусе по сторонам Царских врат находились иконы Всемилостивого Спаса и святых апостолов Петра и Павла, далее — южные и северные двери в алтарь. Во втором ярусе помещались семь икон Деисусного чина, перед которым висело деревянное раскрашенное паникадило.