…великому господину, отцу отцев, преосвященному Филиппу, митрополиту Московскому и всея Руси, по благоволению Вседержителя Христа Бога, царь Алексей, чадо твое, за молитв святых твоих здравствует.
…молю тебя и желаю тебе прийти сюда, чтобы разрешить согрешение прадеда нашего, царя и великаго князя Иоанна, нанесенное тебе неразсудно завистию и неудержанною яростию, ибо твое на него негодование как бы и нас сообщниками творит его злобы… И сего ради преклоняю царский свой сан за онаго, пред тобою согрешившаго, да оставишь его прегрешение своим к нам пришествием…
Сего ради молю тебя о сем, о священная глава, и честь моего царства преклоняю твоим честным мощам и повиную к твоему молению всю мою власть, да пришед простишь оскорбившему тебя напрасно и он тогда раскаялся о содеяном. За его покаяние и нашего ради прошения прийди к нам, святый владыко…
По просьбе монастырской братии Никон оставил в монастыре часть святых мощей, а остальные переложил в привезённую с собой раку и начал с ними обратное путешествие в Москву. По дороге Никон письмами информировал царя о своём передвижении, на всех остановках мощи вносили в храмы и при большом стечении народа совершали перед ними молебны. 9 июля 1652 года мощи были торжественно принесены в Москву. Их встречали крестным ходом с участием царя и церковных иерархов, на месте встречи впоследствии был воздвигнут храм святого Филиппа в Мещанской слободе. Царь восторженно описал встречу святыни в своём письме к князю Н. И. Одоевскому:
Такое множество народа было от самаго Напруднаго по соборную апостольскую церковь, что нельзя было и яблоку упасть, а больных лежащих и вопиющих к нему безмерно много, и от великаго вопля и плача безмерный стон был. Стоял он десять дней посреди церкви для молящихся, и во все дни с утра до вечера был звон, как на святой неделе, так и те дни радостны были: то меньше, что человека два или три в сутки, а то пять, шесть и семь исцеление получат. А как патриарха поставили он, свет чудотворец, двух исцелил в тот день, и ныне реки текут чудес.
9 июля 1652 года святые мощи митрополита Филиппа были торжественно встречены в Москве царем Алексеем Михайловичем с крестным ходом и внесены в Успенский собор Кремля, где почивают поныне. Перенесение мощей святителя Филиппа из Соловецкого монастыря в Москву совершил Новгородский митрополит Никон, будущий Патриарх Московский и всея России.
19 июля 1652 года мощи были положены в серебряную раку в Успенском соборе около иконостаса. Над гробницей была помещена древняя икона с деисусом. Позднее рака была покрыта серебряной доской, которая была утрачена при захвате Москвы войсками Наполеона. Из серебра, отбитого у французов М. И. Кутузовым, 52 фунта (21,3 кг) было использовано на возобновление раки митрополита Филиппа.