9 октября 1995 года Правительство Российской Федерации подписало распоряжение №1380-р о поэтапной передаче зданий и сооружений Нового Иерусалима возрождающемуся ставропигиальному монастырю. Церкви были переданы Воскресенский собор, Церковь Рождества Христова, восточный братский корпус и Скит Патриарха Никона. Через год были переданы и мощи святой великомученицы Татианы Римской, подаренные монастырю в XVII веке царевной Татианой Михайловной, духовной дочерью Патриарха Никона.