Церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи Патриарх Никон освятил в начале 1660-х годов. Посвящение придела соответствует первообразу и объясняется тем, что, по словам святителя Иоанна Златоуста, Предтеча Господа, предваривший Его своим рождеством и проповедью, предварил также добровольные Его страдания, смерть и сошествие во ад, где он возвестил душам праотцев о явлении в мир Мессии. Предание связывает с этим местом в храме Гроба Господня погребение не только праотца Адама, но и первосвященника Мелхиседека — первого царя Иерусалима.
Святейший Никон завещал похоронить себя в Воскресенском соборе именно под Голгофой. 8 сентября 1681 года, через десять дней после кончины Патриарха-схимонаха на реке Которосль под Ярославлем, гроб с его телом был привезен в Новый Иерусалим. Любимый ученик Первосвятителя архимандрит Герман и братия, облачавшие усопшего в погребальные одежды, убедились, что плоть его не издает злосмрадия и «нимало повредися». После отпевания в Успенской церкви Патриарх Никон был похоронен в приделе Усекновения главы Иоанна Предтечи.
Сохранившийся изразцовый иконостас придела был устроен в конце XVII века. Надпись между ярусами, вырезанная по белому камню, указывает на первообраз в храме Гроба Господня: «Церковь святаго Иоанна Предтечи под святою Голгофою, издолблена в камени».
Иконы в иконостасе — современного письма. Наряду с житием Крестителя Господня они отражают и житие Патриарха Никона. В боковых пролетах второго ряда изображены святитель Филипп, митрополит Московский († 1569), и Патриарх Никон, для которого святой Филипп был духовным образцом священномученика, убитого за обличения царя Иоанна Грозного, и церковного строителя, создавшего в период своего игуменства в Соловецком монастыре (1548–1566) великолепные каменные храмы.