Церковь была создана в 1801 году императрицей Марией Федоровной, супругой императора Павла I, в честь своей Небесной покровительницы. Это один из красивейших приделов храма, оформленный по проекту архитектора М.Ф. Казакова в стиле классицизма.
Сохранилась находившаяся в церкви медная вызолоченная табличка с гравированной надписью об устройстве придела:
«На сем месте во Иерусалиме находится церковь святыя равноапостольный Марии Магдалины. А во время его Императором Павлом Первым со всей Высочайшею фамилиею посещения сей обители в 1797 году апреля 19 дня Ея Императорское величество государыня Императрица Мария Феодоровна назначила соорудить придел во имя тезоименитой ея святой Марии Магдалины, которой и кончен в 1801 году сентября 1 дня. При том быта Тайный советник и Кавалер князь Степан Куракин. Прожектировал и показание делал строению Статский Советник и архитектор Матвей Федоров Казаков».
Придел освящен 30 сентября 1802 года.