Двухлетнее управление архимандрита Филарета Воскресенским монастырем оставило о нем память как о мудром и милостивом пастыре. По его благословению монастырский служитель Иван Ильич Строев стал обучать своего сына Ивана живописному ремеслу. Так было положено начало художественной династии Строевых, которые трудились в Воскресенской обители, передавая свое мастерство от отца к сыну, вплоть до советского периода.
Самоотверженной была миссионерская деятельность Владыки Филарета. Будучи архиепископом Казанским, он обратил в Православие свыше 5 000 язычников. Обильные духовные плоды принес основанный Преосвященным Филаретом, в бытность его епископом Калужским, Иоанно-Предтеченский скит Оптиной пустыни. Старчество, насажденное в скиту Владыкой Филаретом, стало для православного народа живым образом святости.
За покровительство духовному просвещению, а также за печатные труды по догматическому богословию и истолковательному чтению Священого Писания Владыка Филарет был избран членом Императорской Российской Академии наук.
Митрополит Филарет преставился ко Господу 21 декабря 1857 года. Только по кончине святителя-подвижника открылось, что он принял, с именем Феодосий, высший образ иноческого жития и просил погребсти свое тело в схиме. Местом вечного упокоения своих останков Владыка Филарет избрал в Киево-Печерской лавре надпещерную церковь Воздвижения Креста Господня при входе в ближние пещеры.
8 декабря 2005 года его имя было внесено во всероссийский месяцеслов по благословению Патриарха Алексия II. Определением Архиерейского собора РПЦ от 3 февраля 2016 года установлено общецерковное почитание святителя Филарета.
Память в день его преставления — 3 января (н.ст.), а также трижды в год в дни памяти соборов святых: ростово-ярославских — 5 июня, сибирских и рязанских — 23 июня и преподобных отцов Киево-Печерских, в Дальних пещерах почивающих, — 10 сентября.